枣庄职业学院设有13个系（院），具体如下：
医学院
开设口腔医学、护理、康复治疗技术等专业，其中口腔医学为中央财政重点支持建设专业。
智能制造系
聚焦工业领域，开设数控技术、机电一体化技术等专业，与区域产业高度匹配。
新能源与汽车工程系
涵盖新能源汽车技术、智能网联汽车技术等方向，服务“强工兴产”战略。
化工与制药系
包含应用化工技术、药物制剂技术等专业，拥有3个省级特色专业。
经济与信息技术系
设计动漫制作技术、大数据与会计等专业，培养数字化技能型人才。
旅游管理系
开展旅游管理、酒店管理与数字化运营等专业，结合区域文旅发展需求。
农学系（枣庄农业学校/乡村振兴学院）
覆盖现代农业技术、畜牧兽医等方向，助力乡村振兴战略。
新材料与建筑工程系
涉及建筑工程技术、工程造价等专业，强化区域建设领域人才培养。
马克思主义学院（党校）
负责思想政治教育和党员干部培训。
墨子国际学院
开展国际化教育，培养具有国际视野的人才。
其他说明 ：
学校设有君山书院、台儿庄古城校区等教学机构，但未单独列为系。
部分专业如机电工程系、化工系等，在不同年份的统计中存在名称差异，可能与系内专业整合有关。
以上信息综合自学校官网及权威教育平台。
