公司办理纳税问题的流程如下：

注册税务账户 ：

公司首先需要在当地税务局注册纳税账户，并填写相关信息，如公司名称、地址、法人代表等。

缴纳税款 ：

根据企业的经营业务类型和所在地区的不同，税种和税率也有所不同。企业需要根据税务局的规定，定期向税务局缴纳应纳税款。

缴纳社保和公积金 ：

企业需要根据国家和地方规定，为员工缴纳社会保险和住房公积金，并及时申报和缴纳相应的社保和公积金费用。

报税申报 ：

企业需要在规定的时间内，根据企业所得的类型和金额，填写相关的报税申报表，向税务局申报企业所得税和其他相关税费。

审核和缴纳税款 ：

税务局会对企业所报税费进行审核，如发现问题，会要求企业进行补缴或调整申报表。

此外，公司还需要注意以下几点：

税务登记 ：

公司应当自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向当地税务机关申报办理税务登记。

确定办税人员 ：

公司应确定好自己的办税主管领导、主管会计、主管办税人员，并交代相关员工按照发票管理制度的规定购买、使用发票，建立起内部的发票管理制度。

按期如实申报 ：

公司应按期如实向主管税务机关进行纳税申报，并按规定报送有关报表、资料。一般公司的增值税、消费税等税务申报为每月一期，金融类公司为每季度一期。

注销时的税务处理 ：

如果公司需要注销，需先向主管局申请注销，缴销发票和两卡，成立清算组进行清算，并在有清算所得时交税。注销过程中，还需接受税务机关的纳税检查和稽查，发现问题后及时补税。

网上申报 ：

纳税人可以向国税局的征管部门提出网上申报纳税申请，经审批同意后，正式参与网上申报纳税。需提供的资料包括银行账户信息等，并通过网络传送纳税申报表和税款。

申报方式 ：

企业可以进行上门申报、邮寄申报、网上申报或现场申报。选择哪种方式需根据公司的实际情况和税务机关的规定。

零申报 ：

即使公司没有经营也没有开票，也需进行“零申报”。但长期零申报会被纳入“风险监控”。

遵守法律法规 ：

公司从事经营活动，必须遵守法律、行政法规，承担社会责任，公司的合法权益受法律保护。

建议公司在办理纳税问题时，咨询专业的税务顾问或会计师，确保所有流程和资料符合相关法规，避免因税务问题影响公司的正常运营和信誉。